|
|
Studium kinetiky samovolného rozpadu ozónu ve vodě
Fendrych, Adam ; Mergl, Václav (oponent) ; Mega, Jaroslav (vedoucí práce)
V obecné části práce jsou prezentovány odborné informace shromážděné k problematice samovolnému rozpadu ozonu ve vodném roztoku a možnostem analytického sledování těchto procesů. Zvláštní pozornost je věnována vlivu pH, obsahu hydrogenuhličitanů a peroxidů na kinetiku rozpadu ozonu. Experimentální část práce je zaměřena na využití spektrofotometrie při studiu chemických reakcí spojených se samovolným rozpadem ozonu v destilované a vodovodní vodě v závislosti na pH a teplotě po sycení vody ozonem připraveným ze vzduchu a z čistého kyslíku. Ke sledování kinetiky samovolného rozpadu ozonu byla použita přímá fotometrie v UV oblasti spektra (při 260 nm).
|
|
|
Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
Víšová, Ivana ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Tato práce se zabývá určováním termodynamických parametrů teplotně indukovaného rozpadu duplexů DNA. Byla provedená přesná měření UV absorpčních spekter roztoků krátkých řetězců DNA se selfkomplementární sekvencí v závislosti na teplotě a pro několik různých koncentrací. Těžištěm práce jsou návrhy a porovnání různých postupů analýzy dat s cílem nalezení nejlepšího postupu pro určování velikostí změn termodynamických potenciálů. Bylo ukázáno, že kombinace faktorové analýzy a fitu termodynamických vztahů na teplotní závislosti získaných koeficientů dovoluje určit tyto parametry z měření provedeného pouze pro jednu koncentraci vzorku a to s lepší přesností, než dosud doporučovaný postup založený na určování teplot tání pro několik koncentrací.
|
|
|
Termodynamika tvorby komplexů miRNA
Vacková, Anežka ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Mojzeš, Peter (oponent)
Práce se týká mikroRNA (miRNA), což jsou krátké řetězce RNA, které svou vazbou na cílovou mRNA molekulu regulují expresi genetické informace. Vzniklé komplexy miRNA a mRNA mají zpravidla podobu neúplného duplexu, kde jsou krátké úseky Watson-Crickových bázových párů přerušovány vnitřními smyčkami, nekomplementárními páry nebo výdutěmi. Obsahem práce je studium vlivu anomálních strukturních útvarů, vnitřní smyčky a výdutě, na strukturní stabilitu komplexu tvořeného miRNA označované Let7 s jejím cílovým úsekem LCS1 na mRNA lin-41 z Caenorhabditis elegans. Řešení práce spočívalo ve změření teplotních závislostí UV absorpčních spekter směsných roztoků výše uvedených RNA sekvencí a jejich mutovaných analog a v analýze spektrálních změn pomocí metody singulárního rozkladu a následným fitováním s použitím termodynamického modelu. Výsledkem jsou určené termodynamické charakteristiky komplexů a spektrální změny spojené se zvýšením teploty komplexu a s jeho rozpadem.
|
|
|
Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí
Homolka, Radim ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Římal, Václav (oponent)
miRNA jsou krátké molekuly RNA post-transkripčně regulující genovou expresi prostřednictvím vazby na cílovou mRNA. Z toho pak plyne vztah miRNA k řadě fyziologických dějů a nejrůznějším onemocněním, např. některým nádorům či virovým infekcím. V této diplomové práci byly studovány teplotně indukované rozpady oligonukleotidových duplexů simulujících vazbu miRNA na příslušnou mRNA. Pro tyto účely byly využity techniky UV absorpční spektroskopie a spektroskopie Ramanova rozptylu. Měřeny byly teplotně závislé série spekter, které pak dále byly zpracovány pomocí faktorové analýzy. Záměrem bylo interpretovat stanovené hodnoty termodynamických parametrů ve vztahu ke stabilitě duplexů a vlivu vnitřních struktur v těchto komplexech. Také byla testována vhodnost použitého přístupu pro studium komplexů oligonukleotidů. Ukázalo se, že na základě faktorové analýzy teplotně závislých sérií UV spekter lze dobře určit termodynamické parametry rozpadu duplexů. Ramanova spektra jsou zatížena velkou chybou, přesto na nich lze pozorovat některé strukturní změny spojené s přechodem. Bylo zjištěno, že výduť přítomná ve studovaném komplexu snižuje flexibilitu tohoto duplexu i energetickou výhodnost jeho vzniku.
|
|
|
Spektroskopické studium struktury a interakcí miRNA
Homolka, Radim ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Maloň, Petr (oponent)
MiRNA jsou krátké molekuly RNA post-transkripčně regulující genovou expresi prostřednictvím vazby na cílovou mRNA. V této práci byly především spektroskopickými metodami, dále pak pomocí gelové elektroforézy, charakterizovány některé strukturní vlastnosti a termodynamické parametry (teplota tání, změna entalpie ∆H a entropie ∆S při přechodu mezi jednotlivými konformacemi) oligonukleotidů simulujících komplex miRNA a mRNA. Byly měřeny teplotní závislosti UV a Ramanových spekter, výsledky zpracovány pomocí faktorové analýzy a fitem na vhodný model určeny zmíněné termodynamické parametry. Výsledky ukázaly možnosti těchto metod pro určování termodynamických a strukturních vlastností nekanonických komplexů RNA. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
Víšová, Ivana ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Tato práce se zabývá určováním termodynamických parametrů teplotně indukovaného rozpadu duplexů DNA. Byla provedená přesná měření UV absorpčních spekter roztoků krátkých řetězců DNA se selfkomplementární sekvencí v závislosti na teplotě a pro několik různých koncentrací. Těžištěm práce jsou návrhy a porovnání různých postupů analýzy dat s cílem nalezení nejlepšího postupu pro určování velikostí změn termodynamických potenciálů. Bylo ukázáno, že kombinace faktorové analýzy a fitu termodynamických vztahů na teplotní závislosti získaných koeficientů dovoluje určit tyto parametry z měření provedeného pouze pro jednu koncentraci vzorku a to s lepší přesností, než dosud doporučovaný postup založený na určování teplot tání pro několik koncentrací.
|
|
|
Studium kinetiky samovolného rozpadu ozónu ve vodě
Fendrych, Adam ; Mergl, Václav (oponent) ; Mega, Jaroslav (vedoucí práce)
V obecné části práce jsou prezentovány odborné informace shromážděné k problematice samovolnému rozpadu ozonu ve vodném roztoku a možnostem analytického sledování těchto procesů. Zvláštní pozornost je věnována vlivu pH, obsahu hydrogenuhličitanů a peroxidů na kinetiku rozpadu ozonu. Experimentální část práce je zaměřena na využití spektrofotometrie při studiu chemických reakcí spojených se samovolným rozpadem ozonu v destilované a vodovodní vodě v závislosti na pH a teplotě po sycení vody ozonem připraveným ze vzduchu a z čistého kyslíku. Ke sledování kinetiky samovolného rozpadu ozonu byla použita přímá fotometrie v UV oblasti spektra (při 260 nm).
|
host ::
RSS.